La Comissió Deontològica és l'òrgan encarregat d'avaluar i informar els projectes d'investigació i treballs acadèmics d'investigació, tesis doctorals i treballs fi de màster, que impliquen procediments en éssers humans. També de l'autorització de la difussió d’enquestes d’investigació adreçades a la comunitat universitària.

D'altra banda, el Comitè Ètic de Benestar Animal s'encarrega d'avaluar l’adequació dels procediments experimentals que impliquen l'ús d'animals de laboratori en experimentació. El treball d'aquest comité està homologat per l'òrgan de l'administració autonòmica amb competències d'acord amb el Reail Decret 53/2013, d'1 de febrer, pel que s'estableixen les normes bàsiques aplicables per a la protecció dels animals emprats en experimentació i altres usos científics, incloent-hi la docència.

El Reglament de la Comissió Deontològica i del Comitè Ètic de Benestar Animal, aprovat en la sessió 6/2016 del Consell de Govern del dia 28 de juny de 2016, regula el seu funcionament i la seua composició. 

La consideració de les implicacions ètiques en les activitats d’investigació és necessària per diferents motius:

• Per exigència legal: la normativa vigent promou i exigeix aquest tipus d’avaluació a nivell nacional i internacional.
• Per responsabilitat: els estatuts de la Universitat Jaume I assenyalen el seu compromís amb la realització de recerca social i èticament responsable.
• Per manament de l’entitat finançadora: els programes externs d’ajudes i subvencions a la investigació requereixen, l’informe preceptiu dels projectes que van a ser finançats.
• Per requisit per a la publicació dels resultats de la investigació: algunes revistes científiques requereixen aquesta informe amb anterioritat a la publicació dels resultats de la investigació.

L'investigador o investigadora principal responsable del projecte d'investigació o de la direcció de la tesi doctoral o treball fi de màster és la persona responsable de preparar la documentació i enviar-la per a la seua avaluació.