El Màster Universitari en Noves Tendències i Processos d'Innovació en Comunicació integra un Programa de Doctorat que es correspon amb la Línia d'Iniciació a la Recerca del Màster. Les recerques que es promouen estan relacionades amb l'activitat que desenvolupen una sèrie de Grups de Recerca del Departament de Ciències de la Comunicació de la Universitat Jaume I, que descrivim molt breument:

• El Grup de Recerca "Reputation, Brand and Innovative Communication Towards Competitiveness", dirigit per la Dra. Magdalena Mut, i el Grup de Recerca "Tendències Publicitàries en la Societat Digital", dirigit pel Dr. Carlos Fanjul, han centrat les seues tasques investigadores a convertir-se en referent per a l'estudi i anàlisi de la comunicació com a eix transversal de desenvolupament soci-econòmic. Nombrosos membres de tots dos grup han participat en la creació d'associacions professionals com el Col·legi Oficial de Publicitaris i Relacions Públiques de la Comunitat Valenciana, l'Associació d'Agències de Publicitat de la Comunitat Valenciana o adComunica.
• El Grup de Recerca ÍTACA-UJI (Recerca en Tecnologies Aplicades a la Comunicació Audiovisual), sota l'adreça del Dr. Javier Marzal Felici, desenvolupa principalment recerques sobre teoria i història del cinema, narrativa audiovisual, teoria de la imatge i de la comunicació audiovisual i anàlisi de textos audiovisuals. Les recerques desenvolupades tenen com a fil comú l'estudi dels mitjans audiovisuals, amb un especial interès pels efectes de les tecnologies digitals en els processos de producció de sentit, des d'una orientació semiòtica (anàlisi textual) combinada amb l'estudi de les condicions de producció, distribució, exhibició i recepció dels textos audiovisuals.
• Finalment, el Grup de Recerca "Periodisme, comunicació i poder", dirigit pel Dr. Andreu Casero Ripollés, centra les seues recerques en l'estudi de la informació periodística, la comunicació política i institucional, l'estructura del sistema comunicatiu i periodístic, les tendències del periodisme actual i els nous formats periodístics en el tractament de la realitat.