El SCIC s’organitza en diferents seccions, i alguna d’elles també en unitats, per tal de garantir el correcte funcionament del servei. Els criteris per a la creació de les seccions i unitats es basen tant en les diferències entre les tècniques com en l’afinitat entre algunes d’aquestes. Cadascuna de les seccions compta amb un coordinador científic.