L'article 89 dels Estatuts de la Universitat Jaume I estableix que la Direcció d'Institut Universitari d'Investigació és l'òrgan unipersonal de govern de l'Institut Universitari. El Rectorat, a proposta del Consell d'Institut Universitari d'Investigació, ha de fer-ne el nomenament.
La Direcció, després de comunicar-ho al Consell d'Institut Universitari d'Investigació, ha d'elegir la secretària o el secretari entre el professorat amb la dedicació a temps complet.
La Secretaria ha d'auxiliar la Direcció en l'exercici del seu càrrec i realitzar les funcions que li encomane la legislació vigent, especialment la redacció i custòdia de les actes de les reunions del Consell i de la Junta Permanent d'Institut i l'expedició de certificats dels acords que el Consell haja adoptat.