El pla d’investigació (PI) és el document que inclou la informació més rellevant del projecte de tesi doctoral. Segons la legislació vigent, el doctorand o doctoranda ha d’elaborar el PI abans de la finalització del primer any en el programa. Per a anualitats posteriors, el PI s'ha de detallar i, si escau, es pot modificar. Per a elaborar el PI cal tindre en consideració les següents recomanacions:
Anualment, el director o directora de la tesi emetrà un informe del PI. La direcció de tesi valorarà l’originalitat de la proposta, la rellevància dins del camp d’estudi, l’adequació de la metodologia emprada i que la investigació puga desenvolupar-se en el temps previst per a la defensa de la tesi. A més, s'emetrà una valoració qualitativa i quantitativa del grau de dedicació i els resultats obtinguts en l'anualitat segons l'escala: Excel·lent (A) entre 3.00 i 4.00 punts, Bé (B) entre 2.00 i 2.99 punts, Regular (C) entre 1.00 i 1.99 punts i Deficient (D) entre 0.00 i 0.99 punts.
El PI s'elaborarà pels doctorands i doctorandes i serà informat per la direcció de tesi en el termini fixat en el calendari acadèmic aprovat pel Comité de Direcció de l'Escola de Doctorat. Doctorands i doctorandes, així com directors i directores de tesi, rebran un missatge electrònic indicant l'obertura del termini per la introducció del PI. Aquest document s'ha de presentar anualment i fins al moment de dipòsit de la tesi doctoral.
El tràmit s'efectua exclusivament per mitjans telemàtics per mig de l'eina informàtica IGLU de la Universitat Jaume I.
En el cas que estiga prevista l’experimentació amb animals o humans cal estar en possessió de l’Informe de Valoració Ètica favorable del Comitè d'Ètica de la Investigació amb éssers humans (CEISH) o el Comitè d'Ètica d'Experimentació Animal per a desenvolupar la investigació proposada. El doctorand o doctoranda disposarà d'un termini de 3 mesos per a presentar còpia d'aquest informe. La no presentació d'aquest informe en el termini previst comporta la denegació automàtica del pla d'investigació proposat i, a tots els efectes, l'avaluació desfavorable de la primera anualitat. Si el director o directora de la tesi ja compta amb l'aprovació oficial de la Comissió de Deontologia per als experiments que es realitzen al PI, l'estudiant pot pujar aquest permís.