Els imports a pagar en les indemnitzacions depenen de l'origen del finançament del projecte, ajut, conveni, càtedra... Per tant, s'ha de tindre en compte les normes aplicables a les indemnitzacions segons els tipus de finançament:

* Els finançats per la Unió Europea es regeixen per la seua pròpia normativa i el seu programa concret, i supletòriament per el Reglament sobre indemnitzacions per raó del servei i gratificacions a l'UJI en tot allò que no s'hi preveu.
* Els que finança l'Estat es regeixen per les normes que indique la convocatòria. Actualment estan convivint projectes, ajuts... en els quals s'aplica el Reial Decret 462/2002, de 24 de maig, sobre indemnitzacions per raó de servei amb altres projectes més recents als quals s'aplica el Reglament sobre indemnitzacions per raó del servei i gratificacions a l'UJI.
* Els que finança la Generalitat Valenciana es regeixen per el Decret 8/2025, de 3 de juny, del Consell, sobre indemnitzacions per raó del servei i gratificacions per serveis extraordinaris, o la que indique la convocatòria. 
* Els finançats per la Universitat Jaume I es regeixen per el Reglament sobre indemnitzacions per raó del servei i gratificacions a l'UJI.

A continuació pots accedir al resum de la Normativa aplicable segons el tipus de projecte.

Si en aplicar les normes sobre indemnitzacions dels projectes corresponents no es cobreixen totalment les despeses i s'està dins dels límits establits a l'UJI, es podrà indicar quin altre projecte cobrirà la diferència entre els que sí permeten arribar als límits UJI (pressupost ordinari dels departaments o dels instituts d'investigació, projectes de Pla Propi de l'UJI o PPSI). Aquests casos s'anomenen de multiestructura pressupostària, i haurà d'aportar-se, si escau, autorització de la persona responsable dels fons que cobreixen la resta de la despesa.