La Instrucció de la Secretaria General 2/2016, de 15 de novembre, sobre el procediment per a la tramitació de convenis, protocols d’actuació i instruments similars fa referència a l’article 9 a l’execució i seguiment de convenis i diu:
 

• 1.-La Secretaria General ha de remetre una còpia del conveni, protocol d’actuació o instrument similar al vicerectorat que haja iniciat el procediment, i també un original, en el cas que haja de remetre’l a l’altra part signatària.
   
• 2. El vicerectorat promotor o l’òrgan o unitat que aquest determine com a responsable de l’execució ha de fer un seguiment dels convenis signats, amb la finalitat de determinar l’oportunitat de continuar-ne amb el compliment o d’efectuar-ne la denúncia. Així mateix, han de remetre anualment a la Secretaria General un informe sobre l’estat d’execució dels convenis de la seua competència.
   
• 3. Els convenis dels quals es deriven obligacions o drets econòmics per a la Universitat han de ser comunicats des de cada vicerectorat al Servei de Gestió Econòmica.
   
• 4. Quan el conveni tinga per objecte la concessió d’una subvenció, ajuda o premi, s’ha d’estar al que es disposa en el Reglament regulador del procediment de tramitació d’ajudes, subvencions i premis de la Universitat Jaume I.

Els convenis han d’introduir en les seues clàusules el procediment de seguiment de l’execució i dels compromisos adquirits pels signants tal i com diu al punt 4,1 f) de les esmentades instruccions i fa referència a que aquest mecanisme ha de resoldre els
problemes d’interpretació i compliment que puguen plantejar-se. Una de les tasques de la Unitat d’encàrrecs, convenis i subvencions és fer el seguiment dels convenis que subscriu la Universitat Jaume I amb altres entitats públiques i privades, precisament per fer eixe seguiment.
 

Les comissions de seguiment constituïdes en convenis i protocols han de tindre un paper actiu pel que fa a la seua resolució i pròrroga o altres dubtes que es puguen plantejar. És per això que s’ha de disposar en acabar cada any o quan estiga pròxima la renovació un un breu informe anual o el grau d’execució dels convenis i si escau procedir o no a la pròrroga. És important doncs nomenar els membres de les comissions paritàries existents als convenis així la la realització de les reunions de seguiment i documentar a través d’una acta la situació de cada conveni o protocol i preveure l’evolució dels convenis i protocols.