Encara que en els seus inicis l'IUPA es va centrar en l'àmbit dels plaguicides, en l'actualitat s'ha ampliat el camp de treball a altres àrees com són la investigació de contaminants orgànics en el medi ambient, amb èmfasi en contaminants emergents i productes de transformació/metabòlits, la seguretat alimentària, l'anàlisi d'aigües residuals amb finalitats epidemiològics, aqüicultura, i metabolómica.
L'element comú de la majoria de les investigacions dutes a terme és l'ús de tècniques híbrides de cromatografia (tant de gasos com de líquids) i espectrometria de masses, incloent analitzadors de quadrupol, parany d'ions, triple quadrupol, temps de vol (TOF), QTOF, IMS-QTOF MS, i Orbitrap.
L'IUPA es divideix en tres seccions:
El IUPA és beneficiari de l'ajuda PROMETEO concedida per la Generalitat Valenciana a grups d'excel·lència investigadora des del 2009 (PROMETEU/2009/054; PROMETEO/2014/023; PROMETEO/2019/040). Aquesta ajuda ha permès un avanç notable en les investigacions relacionades amb aplicacions de l'espectrometria de masses en l'àmbit de la seguretat alimentària, toxicologia i medi ambient.