Els programes de doctorat inclouen aspectes organitzats de formació investigadora que comprenen tant formació transversal, comú a tots els programes, com específica de l'àmbit de cada programa, si bé en tot cas l'activitat essencial del doctorand i de la doctoranda serà la investigadora.
Els doctorands i les doctorandes han de superar un mínim d'hores d'activitats formatives del programa de doctorat per a poder dipositar la tesis doctoral.
El "pla de captació de talent i suport als doctorands i a les doctorandes" aprovat pel Comité de Direcció de l'Escola de Doctorat considera imprescindible la necessitat de potenciar als investigadors i a les investigadores en formació, destacant la importància d’aquest col·lectiu que mitjançant la seua formació doctoral inicia la carrera investigadora i la transmissió del coneixement cap a la societat i les empreses. La realització del conjunt d'activitats formatives que es regulen en les memòries de verificació dels diferents programes és clau per aconseguir la seua ràpida adaptació als estudis i tasques d’investigació. Des de l’any 2021, el conveni de col·laboració signat entre la Conselleria d’Innovació, Universitats, Ciència i Societat Digital i la Universitat Jaume I per a la realització de doctorats en col·laboració amb empreses promociona la posada en marxa d’una convocatòria específica d'ajudes adreçades a estimular la realització d'activitats formatives per part de doctorands i doctorandes que opten a la menció de “Doctorat industrial”.