La coordinació ha sigut una de les directrius bàsiques d'aquest Màster, i per a açò s'han creat diversos òrgans de gestió, sent els principals:

• Comissió Acadèmica (CA): formada per la coordinació, un representant de cadascuna de les àrees de coneixement majoritàries implicades en el mòdul general (tres en total) i un representant per especialitat (nou en total) el que fa un total de tretze membres.
• Comissió Permanent (CP): formada per la coordinació general del Màster, i tres membres de la Comissió Acadèmica d'entre els representants de les especialitats.

La CA tindrà les funcions assignades per la normativa pròpia de la universitat. Les principals atribucions de la CP seran les de tràmit i gestió general del Màster així com vetlar per una òptima coordinació del disseny del Màster i la coordinació entre mòduls: continguts, metodologia, avaluació i activitats interdisciplinàries. També serà l'encarregada de l'estudi previ dels assumptes que hagen de posar-se en consideració de la CA. Per tant, serà funció de la CP establir el calendari de reunions de la CA per a dur a terme aquest funcionament. Així mateix serà l'encarregada de vetlar per l'execució dels acords.A més, tenint en compte que, en el mòdul general pugues haver-hi més d'un grup d'estudiants per assignatura i en els mòduls específics serà necessària la col·laboració de professors dels diferents àmbits que engloba aquesta especialitat, la CA ha de descansar sobre subcomissions de dos tipus fonamentals:

• Subcomissions de gestió de les especialitats (una per especialitat activada, formada per les àrees involucrades directament en l'especialitat concreta) que comptarien amb un representant en la CA (i podria alternar-se anualment si es considera necessari).
• Subcomissions de gestió de les assignatures del mòdul general. Seran tres subcomissions i cadascuna estarà formada pel professorat de cadascuna de les assignatures, independentment de l'àrea de coneixement a què està adscrit. Tindrà un representant en la CA que serà d'una de les tres àrees involucrades en aquestes matèries, de tal manera que sempre hi haja un representant de cadascuna de les àrees: Psicologia Educativa per a Aprenentatge i desenvolupament de la personalitat, Teoria de l'Educació per a Societat, Família i Educació, i Didàctica i Organització Escolar per a Processos i contextos educatius.
• Existirà també una subcomissió per a les assignatures d'Innovació i recerca educativa que, àdhuc dins de cada especialitat, funcionarà com una subcomissió única per a totes les especialitats.

Seran funcions de les subcomissions d'especialitat, entre altres que poden afegir-se: elaborar les guies docents de les assignatures, modificar els continguts a impartir en funció de les noves necessitats que poden plantejar-se, elaborar i corregir les proves d'accés, proposar a la CA els estudiants admesos en l'especialitat, proposar a la CA el professorat que impartirà les matèries de l'especialitat, coordinar el Pràcticum i vetlar per una òptima implementació i regulació de l'especialitat en el Màster.

Seran funcions de les subcomissions del mòdul general, entre altres que poden afegir-se: elaborar les guies docents de les assignatures, modificar els continguts a impartir en funció de les noves necessitats que poden plantejar-se, proposar a la CA el professorat que impartirà les matèries que li són pròpies, elaborar les proves d'avaluació de la seua assignatura, de tal manera que els alumnes s'avaluen de la mateixa manera, independentment del grup i el professor, i vetlar per una òptima implementació i regulació del mòdul en el Màster.

La CA, a més, haurà de vetlar per la coordinació entre mòduls i assignatures: continguts, metodologia, avaluació i activitats interdisciplinàries, i garantir per una òptima coordinació del disseny del Màster.

A més dels mecanismes de coordinació interna, s'ha dissenyat mecanismes de coordinació docent externa amb el professorat de secundària dels centres de pràctiques. Abans de la realització del Pràcticum per part dels estudiants, es manté una reunió amb les coordinacions dels centres de secundària que seran receptors de l’estudiantat en pràctiques. Aquestes persones coordinadores s'encarreguen de ser l'intermediari entre la universitat (i el professorat tutor d'aquesta) i els tutors i les tutores del centre (o professorat supervisor). Per aquest motiu, és necessària aquesta reunió on la informació es distribuïsca a tothom i es poden resoldre els possibles dubtes que poden aparèixer.

Durant la realització del Pràcticum, el tutor de la universitat visita el centre, almenys una vegada, per a comentar amb el tutor d'allí  la marxa de les pràctiques. En finalitzar el període del Pràcticum, es convoca una nova reunió amb els coordinadors amb la finalitat d'arreplegar l'avaluació del procés i establir línies de millora per al curs següent.