Les comissions acadèmiques del màster de cada universitat s’han d’encarregar de coordinar els diversos professors i professores que l’imparteixen, procurant que s’apliquen les directrius emanades de la Comissió Interuniversitària, i informant-la sobre com va el màster. Són les encarregades de fixar el calendari del màster en la seua universitat, d’acord amb allò establert en la memòria de verificació i en coordinació amb la Comissió Interuniversitària. Els corresponen les tasques que els reglaments de cada universitat els assignen.

La Comissió Interuniversitària del Màster és l’encarregada d’aprovar les guies docents de les assignatures, d’acord amb allò establert en la memòria de verificació; de fixar, per a cada curs, les assignatures optatives que s’han d’activar i assignar la docència que corresponga a cadascuna de les universitats participants, així com de fixar el calendari de les assignatures de la matèria Fonaments Històrics del Mediterrani Occidental en l’Edat Moderna, ja que implica el desplaçament de professorat de les diverses universitats, i de coordinar-ho amb el de les altres matèries. I en general de la supervisió de la marxa del màster, vetllant per l’homogeneïtat dels continguts, mètodes d’ensenyament i sistemes d’avaluació, i de prendre les mesures necessàries per a millorar els aspectes que ho necessiten.

El coordinador o coordinadora del màster és el representant d’aquest en els òrgans administratius superiors, i ha d’adoptar les decisions que considere oportunes per a afavorir la coordinació de les activitats previstes.