El màster en Cooperació al Desenvolupament disposarà d’una doble estructura de coordinació acadèmica, d’una banda la interuniversitària i d’una altra la pròpia de cada Universitat.
A escala interuniversitària existirà la:
Respecte a la Comissió de Coordinació Acadèmica Interuniversitària estarà formada per dos representants de cadascuna de les universitats participants per a garantir la coordinació horitzontal (dins de cada curs acadèmic) i vertical (al llarg dels diversos cursos) dels mòduls dels quals consta el pla d’estudis.
Per a l’adequada coordinació docent del màster s’han implementat tant mecanismes de coordinació horitzontal com vertical.
D’una banda, en la seua articulació vertical s’ha constituït una Comissió Acadèmica del Màster en la Universitat Jaume I, formada per la direcció del títol, professorat del màster pertanyent a la mateixa Universitat. Aquesta comissió es constitueix com a principal òrgan de coordinació i de govern del màster.
D’altra banda, una coordinació d’articulació horitzontal compta amb una Comissió Gestora del Màster, formada per la direcció del títol, professorat del màster pertanyent a la mateixa Universitat, la persona de suport al màster, estudiantat i ONGD representades per la Coordinadora Valenciana d’ONGD.